Der Ursprung des Zwettler Sportclubs geht auf das Jahr 1939 zurück. Eine Eintragung im Logbuch vom Juni 1939 heißt: "Viele jüngere und ältere Sprösslinge hatten sich dem grünen Rasensport verschrieben und träumten von einer Gründung eines Fußballvereins, damit Zwettl`s Sportruf in nah und fern mit Ehrfurcht und Staunen genannt werden soll!"
Die Initiatoren waren unter anderem die Brüder Karl und Johann Prinz, Karl Gündler und Fritz Hampl. Zu ihnen gesellte sich Leopold Schilcher als Trainer. Ohne Sportplatz, Torstangen, Netze etc. und ohne Unterstützung der Bevölkerung nahmen diese Pioniere des runden Leders den Kampf auf. Zwar wurde eine Anschlagtafel sowie wenig später ein Schaufenster installiert, eine Vereinsgründung und der geplante Bau eines Stadions scheiterten jedoch an der Fortdauer des Krieges, vor allem an den vielen Einberufungen in die deutsche Wehrmacht.
Bereits im Sommer 1945 sammelten Leopold Schilcher und Johann Bachinger mit großer Unterstützung durch den Apotheker Mag. Josef Schüller, den Abgeordneten zum NÖ-Landtag Anton Anderl und den Vizebürgermeister Franz Winkler fußballbegeisterte Jugendliche der Stadt Zwettl um sich.
In einer Gründungsversammlung beschloss man am 15. Oktober 1945 die Gründung einer "Fußballsektion Zwettl". Die ersten Spieler wurden am 10. November 1945 beim NÖFV angemeldet. Gleichzeitig wurde mit Unterstützung der Gemeindeväter der erste Sportplatz in Form einer einfachen Holzkabine im schönen Zwettltal errichtet.
In einer Generalversammlung wurden 1947 die ersten Statuten beschlossen, als Vereinsfarben wurden Blau-Weiß bestimmt und der Verein wurde in "Sportclub Zwettl" mit den Sektionen Fußball, Handball, Tischtennis, Schach, Motorsport und Wintersport umbenannt.
Einige Sektionen des Sportclubs waren in den Nachkriegsjahren überaus erfolgreich. Besonders zu erwähnen sind die Damen-Handballmannschaft und die Sektionen Motorsport/Wintersport. Das erste Klublokal war das damalige Gasthaus Berger am Neuen Markt in Zwettl, nach dessen Schließung wechselte der Verein zum "Stingl-Wirt" Franz Schrenk auf den Zwettler Statzenberg, wo es sich noch heute befindet.